染色体原因
如果夫妻一方或双方存在染色体异常，那么异常的基因会直接通过遗传导致胚胎质量受损，导致胚胎的染色体异常继而发生自然流产情况。
染色体是遗传基因的载体，任何数目异常和结构改变，比如缺失、重复、倒位和易位等，都可引起遗传物质的不平衡，而导致染色体病的发生或者习惯性流产、胎停育等不良现象。
精子、卵子老化原因
精子、卵子的老化造成胚胎发育不良，是自然流产的常见原因也是导致流产的最重要因素。
孕育一个健康的新生命，不是说说那么简单的，健康胎儿的基础需要男性精子和女士卵子的优质健康；计划生育的夫妻如果没有抓住排卵日，精子与卵子相遇时间过长，那么精卵就失去了受精能力，便很难形成胚胎；并且如果精子和卵子都存在老化衰退现象，那么这时候由于精卵的质量受损，便会导致基因的异常，出现分裂时的易位、重复、缺失、不分离等遗传异常，胚胎的质量也不好，会在身体自然机制作用下被淘汰，于是自然流产便发生了。
女性内分泌失调的原因
卵子受精以后，受精卵必须得到内分泌激素的支持才能正常生长发育。如果女性的内分泌失调，那么也会导致流产的发生。妊娠8周前孕激素的不足，是导致早期流产的主要因素。并且对于孕前存在子宫内膜异位症、卵巢囊肿、高泌乳素血症、多囊卵巢综合症，都是引发不孕不育的因素。
女性孕育器官畸形的原因
子宫是胚胎和胎儿赖以生存的地方，如果子宫失去它的正常形态、正常机能以及容受性改变和子宫血运异常，都会造成自然流产。比如子宫畸形、子宫肌瘤、子宫纵膈、子宫颈内口松弛及宫腔粘连等。
子宫畸形、宫腔小，不能逐渐扩张适应胚胎发育，胚胎着床在子宫纵膈上血运差，或者子宫内膜发育不良，受精卵着床后供血不足，都会影响胎儿正常发育而导致着床障碍和早期自然流产。子宫过度后屈和子宫发育不良，同样属于畸形子宫的范畴，容易引起早期自然流产。
男性精子质量原因
女性怀孕了并不能就说明男性的精子没有问题，因为如果精子质量存在问题，比如精子畸形率高、活力低、凝集重等，都会出现早期流产等难孕育问题；自然流产的女生常会因在临界点，虽然也勉强能受孕，但受精卵的质量太差导致其发育不良，无法正常生长继而发生自然流产情况。
微生物感染的原因
备孕的女性都知道，不可带病妊娠，然而在孕前做病原微生物检查的却很少，母体感染，尤其是导致宫内感染的生物因素，也是造成自然流产的一个原因。
这2种情况不能做试管婴儿
1、身体方面的原因：由于女方的因素而导致的配子运输障碍，无法使受精卵正常运行到子宫；性没有办法正常排卵，不能够接受试管受精。子宫内膜异位症，这样会造成胚胎的着床困难；男性少精、弱精子症；不明原因的不育或者免疫性不孕。
2、除了身体上的一些问题之外，假如任何一方患有严重的精神疾患；泌尿生殖系统急性感染性传播疾病不宜生育、目前无法进行胚胎植入前遗传学诊断的遗传性疾病；任何一方具有吸毒等严重不良嗜好：任何一方接触致畸量的射线、毒物、药品并处于作用期；另外，女方子宫不具备妊娠功能或严重躯体疾病不能承受妊娠的。
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