潜伏期8～39天，一般为2周。约10%～20%的患者有前驱症状，表现为上呼吸道卡他症状或胃肠道功能失调。
临床上可分为发热期，低血压期，少尿期，多尿期，恢复期等五期，但也有交叉重叠。
(一)发热期 起病急骤，有畏寒、发热、头痛、腰痛、眼眶痛、羞明、视力模糊、口渴、恶心、呕吐、腰痛、腹泻等。发病后体温急骤上升，一般在39～40℃之间，热型以弛张型为多，少数呈稽留型或不规则型，颜面及眼眶区有明显充血，似酒醉貌。上胸部潮红，球结膜水肿、充血，有出血点或出血斑，软腭、腋下可见散在针头大小的出血点，有时呈条索状或抓痕样。肋椎角有叩痛。束臂试验阳性。
实验室检查 周围血象白细胞一般约15000/mm3，少数病人有类白血病反应;分类中淋巴细胞增多，有异常淋巴细胞，血小板减少。尿中有蛋白质、红细胞、白细胞及管型。
本期一般持续5～6天。
(二)低血压期 一般于病程第4～6天出现，也可出现于发热期。轻者血压略有波动，持续时间短。重者血压骤然下降，甚至不能测出。休克时(除晚期者外)患者的皮肤一般潮红，温暖，出汗多，口渴，呕吐加重，尿量减少。可有烦躁不安、谵语、摸空等，重者有狂躁、精神错乱等。脉搏细速，可出现奔马律或心力衰竭。
实验室检查 周围血象白细胞总数及分类中异常淋巴细胞增多，红细胞总数和血红蛋白量上升，血小板明显减少。尿变化显著。血中尿素氮轻度滞留。纤维蛋白原，凝血酶原时间、凝血酶时间、白陶土部分凝血活酶时间、鱼精蛋白副凝试验、纤维蛋白(原)降解产物等，可有不同程度的异常。
本期一般持续1～3天。
(三)少尿期 多出现于病程第5～7天。此期胃肠道症状、神经系统症状和出血显著。患者有口渴、呃逆、顽固性呕吐、腹痛、谵语、幻觉、抽搐、鼻衄、呕血、便血、咯血、尿血等，皮肤、粘膜出血点增多。血压大多升高，脉压增大。肋椎角叩痛显著。尿量明显减少。24小时少于400ml，或甚至发生尿闭(24小时尿量少于50ml)，病情严重者可出现尿毒症、酸中毒、高钾血症等。由于尿少或尿闭，加上血浆等液体的大量回吸收，可出现高血容量综合征。并引起心力衰竭、肺水肿等。
实验室检查 尿中深褐色或红色，有大量蛋白、红细胞和管型，可排出膜样组织。血中尿素氮显著升高，二氧化碳结合力降低，血钾升高，钙和钠降低。纤维蛋白原降低，鱼精蛋白副凝试验阳性，纤维蛋白(原)降解产物增高。
本期一般持续1～4天。
(四)多尿期 多出现于病程第10～12天。由于循环血量增加，肾小球滤过功能改善，肾小管上皮细胞逐渐修复，但再吸收功能仍差;加上少尿期在体内储留的尿素等代谢产物的排泄，构成渗透性利尿的物质基础，故出现多尿和夜尿症。每日可排出3000～6000ml低比重的尿液，甚至可达10000ml以上。全身症状明显好转。由于尿液大量排出，可出现失水和电解质紊乱，特别是低钾血症。在多尿初期，代谢紊乱和氮质血症可十分显著。
实验室检查 各项化验逐步恢复正常，但尿比重仍低，血钾偏低。
本期一般持续数天至数周。
(五)恢复期 一般在病程的第四周开始恢复，尿量逐渐回复正常，夜尿症消失，尿浓缩功能恢复。一般情况好转，除软弱外，无明显自觉症状。实验室检查都恢复正常。
整个病程约1～2个月。
以上各期并非每一病人都有，轻型或非典型病员可缺少低血压期或少尿期。
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